Classification traditionnelle

4. CLASSIFICATION traditionnelle

4.1.INTRODUCTION

Sans, pour le moment, se poser trop de questions, abordons la division la plus générale communément faite du monde vivant : le système des cinq Règnes.

Les Règnes sont les taxons les plus élevés et englobent tous les autres.

Classiquement, du Général au particulier, nous avons, comme Taxons :

REGNE - EMBRANCHEMENT- CLASSE- ORDRE – FAMILLE – GENRE - ESPECE

Avec de nombreux intermédiaires possibles ( super Ordre , super Classe, tribu, etc…).

La découverte et l’examen d’une foule d’organismes microscopiques depuis l’époque de Linné, a révélé de nombreuses formes de vie qui ne concordaient pas avec la traditionnelle division du monde vivant en ANIMAUX et VEGETAUX. Des organismes comme l’Euglène semblaient même posséder simultanément des propriétés animales et végétales : Ce Protozoaire flagellé a un revêtement relativement rigide , pas aussi épais que la paroi cellulaire d’une cellule végétale, mais accordant certainement une meilleure protection qu’une membrane plasmique. Cet organisme possède également des chloroplastes et peut faire de la photosynthèse en présence de lumière. Néanmoins, l’Euglène est un flagellé – une propriété animale – qui lui permet de nager librement et elle peut ingérer d’autres organismes et les digérer tout comme un animal.

Les bactéries posent un autre problème : elles ont des parois cellulaires, mais beaucoup ont des flagelles qui leur permettent de se mouvoir ; la plupart ne peuvent pas élaborer leur nourriture, mais quelques unes sont photosynthétiques. A mesure que l’on découvrait et que l’on étudiait de nouveaux organismes, la répartition des êtres vivants dans les Règne animal et végétal semblait devenir de plus en plus artificielle et la frontière entre eux apparaissait de plus en plus floue .

Il existe maintenant plusieurs systèmes de classification différents par telle ou telle hypothèse ou caractéristique et le débat à ce sujet est encore vif entre scientifiques.

Pour des raisons de cohérence, nous n’utiliserons ici qu’un seul système de classification le système en cinq Règnes, proposé par l’écologiste Robert Whittaker.

Les premiers êtres vivants appartenaient probablement au Règne des monères (Découvertes sur les Archaeobactéries), composé d’organismes procaryotes, c’est-à-dire d’organismes dont les cellules sont dépourvues d’une membrane nucléaire séparant l’ADN du cytoplasme ainsi que d’organites membranaires. Les quatre autres règnes comprennent des organismes eucaryotes dotés d’une membrane nucléaire entourant le matériel génétique ainsi que d’organites membranaires. Deux critères principaux permettent de distinguer ces règnes : le degré de complexité et le mode de nutrition.

Le règne des protistes renferme les organismes eucaryotes unicellulaires. Les eucaryotes pluricellulaires forment les trois autres règnes - mycètes, végétaux et animaux – qui se distinguent par leur mode de nutrition. La plupart des végétaux font de la photosynthèse (ils font aussi de l’absorption pour prélever l’eau et les minéraux de leur environnement). La plupart des animaux se nourrissent par ingestion : ils ingèrent ou avalent leur nourriture et la digèrent dans des organes internes. Les mycètes se nourrissent par absorption : ils absorbent des molécules organiques directement du milieu extérieur , directement à travers leurs membranes cellulaires .Il y a lieu de croire que chacun des règnes eucaryotes est polyphylétique

LE REGNE DES MONERES

Tous les organismes procaryotes , à savoir les bactéries et les cyanobactéries (autrefois appelées algues bleues) , font partie du règne des Monères. Les procaryotes n’ont pas de membrane nucléaire , ni de mitochondries ni d’autres organites membranaires présents dans les cellules eucaryotes.

Leur ADN forme un double hélice circulaire pratiquement dénuée de protéines . Les monères se divisent et se reproduisent par fission ( ou scissiparité ), sans présenter les divisions nucléaires mitotiques ou méiotiques propres aux eucaryotes. Les procaryotes se distinguent aussi bio-chimiquement des eucaryotes , par les matériaux formant les parois cellulaires, par la taille et la composition de leurs ribosomes, ainsi que par certaines voies métaboliques.

polyphylétique, et renferment des organismes qui ont, au cours de leur évolution, développé les caractères typiques de leur règne en suivant plusieurs lignées indépendantes.Les paragraphes suivants décrivent chacun des règnes.

LE REGNE DES PROTISTES

Les protistes sont des organismes unicellulaires eucaryotes; ils ont donc une membrane nucléaire et des chromosomes linéaires ( composés d’ADN et de protéines). Ils peuvent se diviser par mitose et , pour la plupart, par méiose . Les premiers eucaryotes étaient sans aucun doute des protistes ; certains sont à l’origine des mycètes, des végétaux et des animaux, qui représentent actuellement les formes de vie dominantes de la terre.

Les protistes actuels ont des modes de vie assez semblables à ceux des eucaryotes supérieurs : certains sont photosynthétiques, d’autres se nourrissent par ingestion et d’autres encore par absorption ; certains sont mobiles alors que d’autres ne le sont pas ; certains ont une paroi cellulaire, d’autres pas ; toutes les combinaisons de ces caractéristiques se retrouvent chez divers représentants de ce règne.

LE REGNE DES MYCETES

On classe souvent les mycètes avec les végétaux parce qu’ils sont immobiles et ont une paroi externe qui ressemble à bien des égard à la paroi cellulaire des végétaux. Toutefois, les mycètes ne peuvent élaborer leurs propres aliments : ils doivent absorber leur nourriture à partir d’une source organique, vivante ou non. Dans bons nombres de cas , avant de pouvoir absorber leurs aliments, il sécrètent des enzymes digestives qui les dégradent à l’extérieur d’eux. Witthaker avait l’impression qu’il fallait séparer
complètement les mycètes des végétaux , parce qu’ils ne se nourrissent que par absorption , alors que les végétaux ne se nourrissent par absorption que de manière accessoire et qu’ils élaborent leurs propres molécules organiques. En outre les mycètes se distinguent des végétaux sur le plan de la reproduction, de la structure corporelle et de la composition de leur paroi cellulaire.

LE REGNE DES VEGETAUX

Tous les organismes du règne des végétaux sont des eucaryotes pourvus de parois cellulaires contenant de la cellulose. La plupart ont des pigments chlorophylliens et font de la photosynthèse dans de chloroplastes, quelques espèces ont cependant perdu leur chlorophylle et se nourrissent par absorption, à la façon des mycètes . Ce règne comprend les algues pluricellulaires ainsi que les plantes terrestres plus familières – les mousses, les fougères, les graminées, les arbustes et les arbres.

LE REGNE DES ANIMAUX

Les animaux sont des eucaryotes pluricellulaires et hétérotrophes qui dépendent d’autres organismes comme sources de composés organiques , et qui se nourrissent principalement par ingestion. La plupart des animaux peuvent se mouvoir. Tous les animaux, à l’exception des plus simples produisent des gamètes ( ovules et spermatozoïdes) dans des organes pluricellulaires et les œufs et les œufs se développent pour former des embryons pluricellulaires.

Comme nous l’avons mentionné au début, le Règne est au sommet d’une descendance hiérarchisée de taxons correspondant à la nomenclature des êtres vivants ou Taxinomie.

4.2.ESPECE ET TAXINOMIE

L’unité en matière de classification du monde vivant, et plus particulièrement l’unité zoologique, est l’Espèce qui peut être définie comme la collection de tous les corps organisés, nés les uns des autres ou de parents communs, et de ceux qui leurs ressemblent autant qu’ils se ressemblent entre eux ( Cuvier )ou , plus simplement ( Lameere) : Les individus de la même espèce se ressemblent entre eux autant qu’ils ressemblent à leurs parents ; c’est une collection d’individus héréditairement semblables.

La notion d’espèce ( voir la rubrique « Les théories de l’évolution » ) est issue d’une nécessité pratique : désigner par un seul mot les êtres que l’Homme reconnaît et qu’il sépare des autres êtres (L. Cuénot, 1936). Une bonne espèce indiscutable pour tous le monde, est une réunion d’individus apparentés, ayant même morphologie
héréditaire et mêmes caractères physiologiques, qu’ils soient biochimiques ( odeurs, sécrétions ) où biophysiques ( réaction au milieu) ; ils ont de plus un genre de vie commun et occupent une aire géographique définie. Il y a en fait séparation sexuelle entre l’espèce et celle qui lui ressemble le plus, un obstacle quelconque, psychique, matériel, géographique, et en dernier ressort l’interstérilité gamétique maintenant l’autonomie du groupe. Ces notions sont précisées dans le recueil relatif aux théories
de l’évolution ( notamment la notion de barrière d’isolement reproductif (B.I.R ).

Très généralement les composants de l’espèce sont interféconds, leur progéniture est également féconde et présente une proportion normale de femelles et de mâles.
En bref les trois couples de critères déterminants sont :

- Similitude morphologique et physiologique.

- Répartition écologique et distribution

- Interfécondité et stérilité extérieure

Dans la pratique, aucun couple de critères n’ayant de valeur absolue, la réunion de deux couples suffit à définir une espèce.Les catégories supérieures à l’espèce sont le genre, la famille, l’ordre, la classe et l’embranchement ou clade . Un ou plusieurs clades ou Embranchements sont parfois réunis en Phylum

Ainsi, le Cheval appartient à l’embranchement des Vertébrés, à la classe des Mammifères, à l’ordre des Périssodactyles, au sous ordre des Hippomorphes, à la super famille des Equoïdes, à la famille des Equidés, au genre Equus, à l’espèce caballus .

Le genre est la réunion de toutes les espèces présentant des caractères communs ; le Chien, le Loup, appartiennent au genre Canis ; le Chat, le Tigre, le Lion appartiennent au genre Félis.

Les embranchements ou clades correspondent à des types d’organisation ; ils indiquent les étapes de l’Evolution du Règne animal ; à chacune de ces étapes , la vie s’est diversifiée à des degrés divers en un nombre plus ou moins grand de formes qui correspondent aux divisions systématiques inférieures ordres, familles, genres, espèces.

A ces unités systématiques fondamentales s’en ajoutent d’autres de valeur intermédiaire entre deux unités successives ( sous embranchement, super classe, super ordre, sous ordre, super famille, sous genre, sous espèce ) qui souvent traduisent les hésitations du systématicien dans ses efforts de classification.

4.3 CLASSIFICATION BINOMIALE

Sous certains aspects, cette classification pourrait être considérée comme un archaïsme technique, la tradition garde cependant souvent ses droits acquis et conserve sa place faute de mieux.

Depuis la 10^èmeédition du « Systemae naturae » du naturaliste suédois Carl Linné, l’espèce est toujours désignée par 2 noms latins ( désignation binomiale ) suivis du nom abrégé de l’auteur qui, le premier, a nommé l’espèce considérée et, enfin, de la date.

Le premier nom est le nom de genre, le second celui de l’espèce.

Exemples :

Le Tourteau : Cancer pagurus L., 1766.

Le Lion : Félis léo L., 1758.

La création de sous espèces a introduit l’usage d’une dénomination trinomiale

Exemples :

Le Chardonneret à tête grise : Carduelis carduelis caniceps. C’est une sous espèce de Chardonneret.

La Corneille noire : Corvus corone corone.

La corneille mantelée : Corvus corone cornix.

Deux sous espèces de Corneille.

Enfin, le premier nom donné à l’espèce depuis l’utilisation de la nomenclature binomiale est seul valable pour la désigner ; les noms donnés ultérieurement tombent en synonymie ; c’est la Loi de priorité dont l’application ne vas pas toujours sans inconvénient.

Ainsi, la sauterelle verte connue sous le nom de Locusta viridissima doit, en application de cette loi de priorité, être nommée Tettigonia viridissima.

4.4 ECLAIRCISSEMENTS

Pourquoi une systématique ?

La science connaît bien plus d'un million d'espèces animales. La systématique a pour but de décrire les diverses formes animales, d'établir leurs caractéristiques et leurs relations et de les classer d'après leur affinités phylogénétiques ou d'autres règles en vigueur.

Ci-après quelques définitions

Classification

Le classement des diverses formes animales en groupes à l'intérieur du règne animal.

Nomenclature

La désignation des formes et des groupes par des noms scientifiques, selon des règles fixées sur le plan international. Les noms scientifiques sont tirés du latin ou du grec et parfois les deux langues sont combinées. On peut aussi utiliser, sous forme latinisée des mots d'autres langues (souvent des termes géographiques ou les noms de famille de scientifiques ou de collectionneurs d'animaux).

Taxonomie=phylogénie,c'est-à-dire la théorie de la classification, de ses principes, méthodes et règles.

Le règne animal est, dans les grandes lignes, divisé en phyla, les phyla en classes, les classes en ordres, les ordres en familles, celles-ci en genres et les genres finalement en espèces.

Catégories taxinomiques

Pour représenter les relations avec plus de précision, on a créé des catégories intermédiaires: sous-phyla, sous-classe, sur-ordre, sous-ordre, ordre partiel, sur-famille, sous-famille, sous-genre, sur-espèce, sous-espèce. En tant que particularité, on utilise parfois encore les termes suivants: cohorte pour la réunion de plusieurs sur-ordres et tribu en tant que catégorie intermédiaire entre sous-famille et genre.

Exemples de nomenclature

Ce qui a été énoncé théoriquement au chapitre précédent est expliqué pratiquement au moyen des exemples suivants:

Exemples de nomenclature

Le terme "taxon"

Le terme général pour désigner les diverses catégories taxinomiques est le taxon, au pluriel taxa. Le taxon "famille" est plus élevé que le taxon "genre". Si l'on veut désigner toutes les espèces à l'intérieur d'un taxon, on écrit le nom du taxon suivi de "spp.", l'abréviation pour species=espèces.

Espèce, sous-espèce et race

Appartiennent à une espèce, les animaux qui, lors du libre choix de leur partenaire, forment avec succès une entité de reproduction naturelle et donnent naissance à des descendants aptes à la reproduction.

Une espèce se distingue, par conséquent, d'autres espèces en premier lieu par le comportement et la physiologie et non par l'apparence

Une sous-espèce est un groupe limité géographiquement de populations locales d'une espèce.

Les individus d'une sous-espèce se laissent distinguer à 75 % d'autres sous-espèces. Les transitions entre sous-espèces sont donc souvent peu apparentes. Dans les zoos, on a souvent tendance à éliminer de l'élevage les spécimens "atypiques" (p. ex. zèbre de Grant avec des bandes intermédiaires).Les problèmes de distinction entre espèce et sous-espèce se présentent là où des individus s'accoupleraient sans autre et donneraient naissance à des petits aptes à la reproduction s'ils en avaient la possibilité mais où cela n'est pratiquement pas possible pour des motifs géographiques. Des exemples de tels cas douteux sont fréquents pour des animaux d'Eurasie et d'Amérique du Nord:

On appelle kline des transitions peu apparentes d'une morphologie à une autre à l'intérieur d'une espèce (p. ex. la taille moyenne augmente progressivement du sud au nord).Les races n'existent que pour les animaux domestiques !

Les races n'ont pas de noms scientifiques. La distinction se fait selon des critères subjectifs. La variabilité peut être très importante entre races géographiques. En ce qui concerne les races élevées, en tant que hobby, où l'on veille sévèrement à un standard, et pour les races dont on exige des prestations élevées, où il s'agit de satisfaire de façon optimale à un but d'utilisation, la marge de variations est très faible.

Quelques indications pour comprendre la nomenclature

Le nom du genre est un nom propre masculin ou féminin.

Le nom de l'espèce se compose de deux mots: le nom du genre et un adjectif ou d'un autre nom principal au génitif (terminaison -i ou -ae) ou une répétition du nom du genre.

Le nom de la sous-espèce se compose d'un nom d'espèce et d'un autre adjectif ou d'un mot au génitif. Il se compose donc de trois parties. La sous-espèce décrite en premier est ce qu'on appelle la "forme nominale". Elle est caractérisée par le fait que le même nom est répété.

N.B.: Les noms des espèces et des sous-espèces sont écrits en italique ou soulignés.

Comment désigne-t-on les animaux domestiques ?

Initialement, les animaux domestiques classiques étaient considérés comme espèces propres et désignés par un autre nom que leur espèce ancestrale (alors que pour les espèces exotiques (chameau, yak) on faisait parfois une distinction entre la forme domestique et la forme sauvage):

Vu que, du moins en ce qui concerne les races d'animaux domestiques primitives, celles-ci constitueraient, en règle générale, une entité de reproduction avec leur espèce ancestrale, si elles en avaient la possibilité, la classification d'animaux domestiques en tant qu'espèces propres n'est pas acceptable. C'est pourquoi on a essayé de les définir comme sous-espèces:

Chien domestique - Canis lupus familiaris

Bovin domestique -Bos primigenius taurus

Chèvre domestique - Capra aegagrus hircus

Depuis 1960 environ, on utilise de plus en plus la désignation "forma", abrégée "f", qui exprime clairement qu'il s'agit d'une forme d'animal domestique qui peut éventuellement remonter jusqu'à diverses sous-espèces sauvages:

Chien domestique - Canis lupus f. familiaris

Bovin domestique - Bos primigenius f. taurus

Chèvre domestique -Capra aegagrus f. hircus

Pourquoi ne pas classer simplement par ordre alphabétique ?

En principe, chaque forme animale n'a qu'un seul nom scientifique valable. De nombreuses espèces ont cependant été décrites à plusieurs reprises ou rebaptisées et on a réuni ou dissocié des espèces. Il en résulte que plusieurs noms, appelés synonymes, sont utilisés, ce qui rend plus difficile l'emploi de listes d'animaux par ordre alphabétique.

La classification taxinomique est-elle claire ?

Non. Il y a des différences d'un auteur à l'autre. C'est ainsi que p. ex. les Tupaias (tupaiidés) sont considérés, suivant l'auteur, comme primates primitifs, comme insectivores ou comme ordre propre Scandentia et classés en conséquence. Les carnassiers terrestres et les pinnipèdes sont considérés parfois comme des sous-ordres d'un ordre commun, parfois comme ordres propres, etc. Il existe cependant certaines publications qui se sont imposées comme références standard, si bien que l'ordre des taxa, p. ex. dans les annexes CITES, dans l'International Zoo Yearbook, dans le système informatique Zoo ISIS et dans la vie des animaux de Grzimek, ne varie que de façon minime de l'une à l'autre.

La classification des vertébrés

Ci-après,les classes et les ordres des vertébrés figurent dans le même ordre de classement que dans les annexes CITES. En ce qui concerne la classification à l'intérieur des différents ordres, des renseignements sont donnés dans les leçons spéciales correspondantes.

4.5 CONCLUSION

Comme nous l’avons vu, il faut garder à l’esprit que la notion d’espèce est le seul niveau taxonomique que l’on tente d’isoler strictement à l’aide des critères de similitude morphologique et physiologique, de similitude écologique et de l’interfécondité.

Les niveaux taxonomiques supérieurs ou inférieurs sont « en quelque sorte » des groupes subjectifs plus ou moins consacrés par l’usage. Les limites entre taxons ne sont pas toujours nettes et l’on peut rencontrer des différences d’interprétation.

On peut rencontrer dans la littérature :

- L’Embranchement des Vertébrés ou le sous phylum des Vertébrés, dans ce dernier cas il est englobé dans le, phylum des Chordés.

- L’Embranchement des Cnidaires ou le phylum des Cnidaires.

- Le phylum des Cordés ou le phylum des Vertébrés.

La notion de phylum correspond à un plan d’organisation qui peut s’établir avec précision, c’est le cas des phyla : Arthropodes, Mollusques et Echinodermes…

stm-ani-reimers.ppt : Une très belle description synthétique des groupes animaux

EMBRYOLOGIE: L’embryologie est l’étude du développement des métazoaires, depuis l’œuf jusque la forme adulte.Elle se propose de suivre les étapes du développement des métazoaires durant toute la phase diploïde de l’individu ,c’est à dire du stade unicellulaire qui est l’œuf jusqu’à un stade totalement différencié où les organes du jeune étant mis en place, il pourra mener une vie libre. La succession de ces stades de développement constitue l’ontogénèse